水質逐漸改善的二仁溪，已不再是過去的「黑龍江」，近幾年每到冬春候鳥季也可見黑面琵鷺蹤跡。台灣濕盟近幾天到二仁溪下游做鳥類觀察，記錄到13隻黑琵，也是近幾年第2高。濕盟表示，黑琵選擇停棲在此，希望引起重視，相關單位能投入更多環境維護及水質改善。

二仁溪與重要支流三爺溪在民國60年代受下游廢五金回收與熔煉造成的汙染而變色，早期嚴重汙染時溪水墨中帶綠，從民國80年代末到90年代初因大力拆除這些違法工廠，並展開整治，經過20多年的努力，水質逐漸改善，下游河段已由重度汙染改善為中度汙染，下游及出海口以可見魚蝦，也見於民捕鰻苗。

近3、4年來二仁溪下游也可見到黑琵在此覓食，但數量不多。今年春節前後，台南社大環境小組觀察到4、5隻黑琵，台灣濕盟這幾天也在下游記錄黑琵數量，最多發現到13隻黑琵聚集在下游高灘地，也是近年來數量次高，最多曾發現17隻。

台灣濕盟秘書長鄭仲傑說，近幾年都在二仁溪下游幾個高灘地發現黑琵，雖然數量不多，但意義深遠，除顯示二仁溪棲地環境變好，也希望受到重視，公部門能加大二仁溪環境生態保護的力道，隨著水質改善，生物種類及數量更完整，二仁溪未來會更好成為優質親水環境。

鄭仲傑表示，經觀察，來二仁溪高灘地覓食的黑琵以短期覓食、休息居多，不像七股沿海的黑琵入冬後數個月停棲，而要吸引黑琵停棲，也要看棲地夠不夠完整、穩定與安全，來二仁溪停棲的黑琵除了在高灘地處覓食，也會到附近魚塭，或是北到四鯤鯓、四草，南到茄萣濕地覓食、停棲。在二仁溪看到黑琵，也顯示環境有符合需求，這是令人歡喜的。

台灣濕盟志工記錄著，「遇上牠們的時間是在艷陽高照的午後，灘地上的鳥兒們看上去很慵懶休息的休息，理毛的理毛，覓食的覓食，灘地上除了黑琵，台南濕地三寶裡的另外兩寶也出現了，

看著他們高高的蹲姿 應該是邊休息也在邊警戒著；跟人類的跪姿不同，因為構造的關係，牠們的腳丫是呈現往前的L型，畫面看起來就十分逗趣。」

「二仁溪這條河川，背負著許多過往的故事，也許過去有許多負面形象， 但也是當時時空背景所導致，我們也經常拿著二仁溪的例子，分享給許多大小朋友，讓大家知道環境的破壞可以很短的時間造成，但要恢復卻不是那麼容易，環境有它的恢復力只是最終不一定恢復成原來樣貌，並且需要給它充足的條件、充足的時間，期望這條河川的生命力仍能生生不息，不斷延續。」