台江國家公園內有四草濕地、曾文溪口濕地兩處國際級重要濕地，以及七股鹽田濕地、鹽水溪口濕地兩處國家級重要濕地。其中四草濕地生態豐富，擁有200多種維管束植物，以耐鹽植物為主；水陸交會處，紅樹林茂盛，除了絕跡已久的細蕊紅樹和紅茄苳之外，可見水筆仔、欖李、海茄苳與紅海欖（紅海欖在《2017臺灣維管束植物紅皮書名錄》中，列為易危物種），甚至擁有全臺最大的欖李生長區，每年提供亞洲、澳洲候鳥遷徙時之中繼站，亦吸引鷸鴴科、雁鴨科、鷺科等200種鳥類棲息，因而有「水鳥濕樂園」之美名；據紀錄，每逢冬季至隔年春季，黑面琵鷺來到四草度冬的數量，全球僅次於曾文溪口北岸，為重要的黑面琵鷺衛星棲地，更是全臺最大的高蹺鴴繁殖區。
古四草濕地原本是一片潟湖，稱為台江內海。清道光3年，豪大雨造成曾文溪氾濫改道，上游沖刷大量泥沙，台江內海日漸淤積，形成海埔新生地，同時也將台江內海分成三大鹹水潟湖，分別為鯤鯓湖（已開發為五期重劃區、安平商港及安平工業區等）、四草湖與七股潟湖。日本時代，「臺灣製鹽會社」在四草湖一帶開闢鹽田，稱為「安順鹽場」，當地漁民則在附近開墾魚塭，養殖牡蠣，並種植紅樹林為防洪、防風林；這些鹽灘、魚塭、紅樹林等地景，造就今日的四草濕地。然而隨著製鹽事業沒落，1992年，政府將此鹽田濕地設置為「臺南科技工業區」，計畫填土並興建廠房基地，吸引高科技產業進駐、創造就業機會。由於工業區開發擠壓到自然生態與人文遺跡續存，台灣濕地保護聯盟、台南市野鳥學會與高雄市野鳥學會，以專家學者的調查與論述作為後盾，群起搶救，獲得時任立委的許添財先生支持；經過2年多的陳情與倡議，經濟部最終同意在工業區內保留523.8公頃土地，並於1994年，由行政院農委會公告成立「臺南市四草野生動物保護區」，為臺南市民留下都市之肺，以及四草的歷史文化。
四草濕地範圍圖。（圖 / 台江國家公園）
保護區分別為A1高蹺鴴繁殖區、A2北汕尾水鳥保護區與A3竹筏港水鳥保護區，中間為臺南科技工業區。在A2區四草湖附近有一片遺世獨立的「釐金局」紅樹林，清代的四草為了貿易，開鑿運河，對通過該水陸要道的貨物課徵關稅，而釐金局正是徵收稅金的關卡，紅樹林沿河道繁生；為保護這片紅樹林，台灣濕地保護聯盟、崑山技術學院（現崑山科大）學生與台南市野鳥學會舉辦「我愛四草」系列活動，每人手拿編有號碼的名牌，逐一為紅樹林繫牌，作為標記，要求工業區的開發單位，若要開發釐金局，就要移植這14公頃茂密的紅樹林，如此逐樹繫牌的瘋狂行動，為四草保留下最漂亮的紅樹林景觀。
由於A1區停止曬鹽後，經營型態改變，生態及棲地品質劣化，復育艱困；2002年，台灣濕地保護聯盟著手協助臺南市政府，進行棲地復育、水路改善、生態監測與環境教育等任務，並於2006年正式認養。濕盟人員開始長期進駐，調整土堤，打通與鹿耳門溪之間的溝渠，以暢通水路，讓海水能隨著潮汐進入棲地，營造水深變化之棲地多樣性；並發動志工，將保護區四周的圍籬加高，防止流浪狗入侵，捕食幼鳥或打擾野鳥生息；亦設置高蹺鴴繁殖巢島，提高孵化率。營造棲地的隔年春天，就發現高蹺鴴及東方環頸鴴來此繁殖，更發現1999年於臺南繫放的高蹺鴴，在外漂泊7年後，於2006年春天，回到四草保護區繁殖；同年黑面琵鷺也開始進駐，起初是2至3隻來此覓食或夜棲，隨後越來越多，光是在2006年的調查中，就有70種鳥類的紀錄，其中發現遊隼、短耳鴞、彩鷸等珍貴鳥種。
棲地營造難度極高的A1高蹺鴴繁殖區，在眾人用心保育下，族群數量明顯提升。
高蹺鴴的雛鳥，即將加入這個水鳥樂園。
為進行生態監測及環境教育，濕盟發起募款，由臺南市東區扶輪社捐贈賞鳥亭一座，可成教育基金會捐贈生態監測塔一座，而臺南地區的企業則捐贈A1區的大門，這些團體的共襄盛舉，使A1區的設備更臻完善，提供民眾於不驚擾水鳥的距離之下親近保護區。2009年，台灣濕地保護聯盟與其他友好保育團體共同推動之「台江國家公園」成立後，調查與巡守工作乃於2012年交由臺南市政府農業局與台江國家公園，繼續進行保護區的經營管理，而台灣濕地保護聯盟也轉往他處，持續與政府和民間推動濕地保護工作。
參考資料
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15.臺灣濕地網（2015）。臺南市四草野生動物保護區 (四草溼地)part1。
16.臺灣濕地網（2015）。臺南市四草野生動物保護區 (四草溼地)part2。