二仁溪為臺南與高雄的界河，早期溪水清澈，在荷據時期稱為「淡水溪」，據歷史學者江樹生教授推測，淡水溪之名，可能源於荷蘭人從溪水汲取飲用水而得，足見其水質優良，人們依此秀水從事漁業捕撈，並衍生珍貴的漁村信仰與文化，但隨自然環境變遷與產業機能轉型，二仁溪產生嚴重巨變。
1960年代，回收貴重金屬的技術出現之後，高雄港拆船業興起，眾多電子廢棄物從國外進口，二仁溪中下游地區因資源不如其他地區豐沛，居民開始以拆船業、回收廢五金與熔煉業維生，當時家家戶戶皆可看到回收廢五金的景象，尤以臺南灣裡為大本營。全盛時期，每日廢五金進口可達100個貨櫃，在灣裡堆出一座座廢五金小山。然而廢五金拆解的過程，需使用酸性化學物質，因此空氣中總是彌漫著各色酸臭煙霧，而熔煉的廢液則直接排放至溪河中，河道兩岸，更可見取下貴重金屬後無用的電子廢棄物任意堆置，有時甚至露天燃燒這些廢棄物，各種污染加成產生嚴重空污、戴奧辛、多氯聯苯等有毒物質，導致原本清澈的二仁溪成為「臺版黑龍江」，亦成為全世界重金屬汙染最嚴重的河川。
二仁溪廢五金時代，河水經常出現五顏六色的情況。
早期二仁溪的河床，堆滿廢五金。
堆積在二仁溪河岸的廢五金，嚴重影響水質、生態與人的生活。
1986年，爆發綠牡蠣事件，二仁溪口的養殖牡蠣體內，含有超標40倍的銅離子含量，引起全國譁然，政府開始禁止廢五金進口，但遺留下的大量廢棄物，仍堆置在河道兩岸，日夜受溪水、雨水淘刷，光是清除廢棄物就花了十幾年、十幾億，至今仍未清除完畢。
從小在二仁溪長大的蘇水龍先生，集結二仁溪的漁民，組成高雄市茄萣舢筏協會，並於2007年認養二仁溪下游嚴重污染的白沙崙濕地，台灣濕地保護聯盟亦於2013年認養同屬二仁溪下游段的大甲二行濕地，將棲地營造、環境倡議的經驗，串連政府與當地社區組織，與茄萣舢筏協會共同進行二仁溪總體流域的整治與復育工作。2014至2015年，濕盟申請通過「二仁溪大甲濕地保育行動計畫」，獲得水利署及臺南市政府補助，推動河灘地生態復育及教育推廣工作；2016年，擴展生態調查及巡守範圍，更名為「二仁溪下游濕地保育行動計畫」，將大甲二行濕地的堤頂營造為景觀休憩之用、步道與人工濕地作為環境教育之用，而感潮灘地則保留給生態棲地之用。二仁溪復育工作推展至今，其水質雖不比百年前的淡水溪風貌，但已獲得大幅改善，「黑水」變得比過去乾淨，死寂一片的環境也恢復生機，人們逐漸願意在二仁溪流域活動；而當時壯年黑髮的蘇水龍先生，如今已鬢髮灰白，但仍堅持不懈與濕盟、茄萣舢筏協會，站在二仁溪復育的前線，期許二仁溪回到他兒時的景致。
整治二仁溪兩岸，並營造適合生物生存的濕地。
直到現在，蘇水龍先生仍對二仁溪復育與教育，不遺餘力。
把綠意種回來，一人一棵樹，每個人都是二仁溪的希望。
因為眾人的努力，二仁溪逐漸重現生機。
棲地營造改善了自然環境，使更多生物願意在二仁溪流域棲息、繁衍。
大甲二行濕地的黃昏，高蹺鴴的身影，成為迷人的風景。
破壞自然生態，輕而易舉；但復育，卻曠日費時。二仁溪的故事說明經濟發展若以環境污染為代價，犧牲的終究是居民與動植物的健康，以及生存空間。在過去的時空背景下，環保意識低落，人們未能規劃與自然環境共生，而現在的二仁溪復育有成，亦開始將明智利用的理念植入，濕盟於2016年認養港尾溝溪滯洪池，並在滯洪池邊建立「二仁溪流域教育中心」，期望整合二仁溪的保育歷程、生態與人文景觀之資源，將整體流域塑造為河流博物館，意即整體流域都有其博大及獨特之處，向民眾展現並宣導二仁溪的轉變及價值。
1.生物資源調查：建立二仁溪下游生物資源資料庫。
2.二仁溪流域學校：從大甲國小學習課程出發，串連沿岸各級學校與社區學習機制。
3.社區自主棲地經營管理：設計全年度的系列活動招募濕地志工，儲備未來經營管理人力。
4.推展二仁溪特色活動：以早期灣裡萬年殿水路王船遶境祭典為雛型，加強文化內涵的探討與論述；擴大與相關民間單位及公部門的合作與資源整合。期望有朝一日二仁溪水路王船再現！
二仁溪從「臺版黑龍江」到生態親水之地、從工業發展轉向以生態教育與景觀遊憩為主，見證了復育的價值。
濕盟講師將二仁溪的復育之路帶入生態體驗中，培養孩子觀察與思索自然議題。
將生態調查與監測，融合環境教育，啟發孩童的知識與心智。
二仁溪流域教育中心的資源，亦走入當地學校，強化濕地保育教育。
二仁溪流域濕地，意指包含白沙崙濕地、大甲二行濕地、文賢灘地等河岸型濕地，以及港尾溝溪滯洪池所形成之人工水域，還有河道兩岸的漁塭等，遍佈廣泛。棲地營造應以總體生態為概念，因此二仁溪的復育，不只濕地，而是涵蓋「整條流域」的保護工作及週邊社區再造。
常見物種：烏魚、海茄苳、欖李、星點彈塗魚（花跳）、小彈塗魚（孔鏗）、招潮蟹、凶狠圓軸蟹、大白鷺、小白鷺、蒼鷺、高蹺鴴。