臺灣濕地型態多元、美麗，且與眾多歷史文化相互羈絆，應妥善保護。
過去在臺灣，濕地是沒有主管機關的自然環境資源，各單位對於濕地的價值評估落差極大，遇有爭議事故時，也容易因為價值認定不同，引發許多土地使用的糾紛，臺灣沿海濕地諸多成為工業區的預訂場址，淡水河川和埤塘濕地也容易遭到破壞和汙染、填平開發等。因此落實濕地主管機關和管理法制成為減少爭端，拉近社會認定價值的重要機制。
2006年，台灣濕地保護聯盟協助行政院國家永續發展委員會和內政部營建署辦理「重要濕地及珊瑚礁分布圖」，提供全臺重要濕地相關訊息和政策研擬方向，推動國家重要濕地政策的擬訂。
為維護本土生物多樣性，推動濕地生態教育及旅遊，並因應國際保育趨勢，2006年起，內政部籌組「國家重要濕地評選小組」，展開一系列全國重要濕地推薦與評選作業，時任台灣濕地保護聯盟理事長翁義聰教授獲選為評選小組委員，濕盟成為少數民間團體代表之一。
歷經一年多的努力，於2007年底，濕盟協助政府完成75處國家重要濕地評選，包含「曾文溪口濕地」與「四草濕地」2處國際級重要濕地，以及國家級重要濕地41處、地方級重要濕地32處，完成首批75處重要濕地評選。濕盟並接受營建署委託，編訂第一本「2007國家重要濕地彙編」，彙整出版前述75處重要濕地相關資訊。
2007年的評選作業，濕盟積極進行調查研究南臺灣重要濕地生態資源，提報南臺灣地區18處濕地，經審查後全數通過成為重要濕地。此18處重要濕地如下：
1.彰化縣及雲林縣之濁水溪口濕地（含北岸大城濕地）
2.雲林縣之成龍濕地
3.雲林縣及嘉義縣之北港溪口濕地（含北岸椬梧濕地）
4.嘉義縣之布袋鹽田濕地
5.嘉義縣及臺南縣之八掌溪口濕地
6.臺南縣之北門濕地（含北門鹽田及急水溪）
7.臺南縣之七股鹽田濕地
8.臺南縣及臺南市之曾文溪口濕地
9.臺南市之四草濕地
10.臺南市之鹽水溪口濕地
11.高雄縣之竹滬鹽田濕地
12.高雄市洲仔濕地公園
13.高雄縣大樹鄉舊鐵橋人工濕地
14.高雄市援中港濕地
15.高雄市半屏湖濕地
16.澎湖縣青螺濕地
17.澎湖縣菜園濕地
18.屏東縣四重溪口濕地
2011年，營建署再度公告新增17處、調整4處及整併淡水河流域11處成流域類型，並出版第二本「2011國家重要濕地彙編」；而2013年又新增1處，累計83處國家重要濕地。
2015年2月2日，濕地保育法施行。依據該法第40條規定，本法施行前經中央主管機關核定公告之國際級及國家級國家重要濕地，於本法施行後，視同國際級(2處)與國家級重要濕地(40處)。惟施行前經中央主管機關核定公告之地方級國家重要濕地，於本法施行後，視為地方級暫定重要濕地，必須進行檢討及再評定。目前通過再評定之地方級重要濕地為15處。
臺灣重要濕地請參見「國家重要濕地保育計畫」。
2007年，各界環保團體開始遊說中央訂立《濕地保育法》，乃因當時與濕地相關的法律，如漁業法、森林法、海岸法草案等，皆無直接針對濕地進行保護與管理的規範，但臺灣濕地型態豐富，擁有沙洲、潟湖、沼澤、湖泊等，急需濕地法維護國土永續發展；2012年，內政部版濕地法與民間期待差異甚大，台灣蠻野心足生態協會邀集林淑芬、張曉風、邱文彥、林世嘉、田秋堇、陳其邁、段宜康、李昆澤、蔡其昌與林佳龍等33名跨黨派立委，提出民間版濕地法草案，台灣濕地保護聯盟亦參與民間動員，並針對濕地管理的前瞻性提出聲明，協助推動民間版濕地法，政府順應民意推出政院版，終於在2013年，濕地法三讀通過，並於2015年2月2日（國際濕地日）正式實施。
國家重要濕地的評選與濕地保育法，都仍有改善空間，但現今已成為臺灣濕地保育的基礎與框架。
《濕地保育法》條文，請參見「全國法規資料庫」。
參考資料
1.劉清榮（2006）。營建署起動整理國家重要濕地工作。臺南市：台灣濕地保護聯盟簡訊。
2.內政部營建署城鄉發展分署（2011）。國家重要濕地評選。
3.內政部營建署城鄉發展分署（2018）。106年國家重要濕地電子公報。
4.台灣濕地保護聯盟（2012）。濕盟關於「濕地保育法」之立場聲明。
5.林子淩（2013）。久旱不雨的濕地立法。
6.莫聞（2013）。強調明智利用、零損失 溼地法三讀通過。
7.溫于璇、詹嘉紋（2012）。濕地法立法在即 跨黨派立委共推民間版。
8.台灣蠻野心足生態協會編輯部（2012）。2012/4/3民間推動「濕地保育法」說明會。