1848年,兩位荷蘭的動物學家C. J. Temminck (1778~1858) and H. Schlegel (1804~1884) 認為這是琵鷺 屬之中最小的鳥的意思,以Platalea minor 學名發表在西博爾德(Philipp Franz von Siebold, 1796~1866)所編的日本動物誌鳥類篇(Siebold's Fauna Japonica, Aves)第120頁及圖版76中;博爾德為德籍醫生、博物學者。
1863年,英國人史溫侯(Robert Swinhoe)於台北淡水看到一對黑面琵鷺;隔年,史溫侯又於淡水獵得2雌2雄共4隻標本。
1893年,英國人拉圖許(La Touche)首次於從台南安平出發,看到一群像黑面琵鷺的鳥停在台江內海的北邊;從日領時期所繪的台灣堡圖分析,還沒築鹽田的沙洲約略在現在四草保護區A2區的大池附近。
1939年,日本人風野鐵吉(Hachisuka)於台南博物館鳥類目錄中記載。
1951年,風野鐵吉報告從1925~1938在安平發現50隻的黑面琵鷺。(參見文獻:Hachisuka, M. and T. Udagawa. 1951. Contributions to the ornithology of Formosa, part II. Quarterly Journal Taiwan Museum, 9: 1~180.)
1974年,陳炳煌、顏重威報告曾文溪口約有25隻(在台灣森林鳥類調查年度報告1974年7月第2頁)
1985年,郭忠誠報告曾文溪口約有130隻(在亞洲水鳥報告第77及80頁)
1986年,台南縣府提開發計畫,有意將七股海埔新生地開發為七股工業區。
1990年,Kennerley, P. R.發表A review of the status and distribution of the Black-faced Spoonbill一文於香港觀鳥會的1989年度報告Hong Kong Bird Report第116~125頁。
1991年9月~1992年5月,崑山工專自費進行全年性全面記錄,結果顯示約每年10月中旬抵達度冬,次年2月下旬開始陸續北返,5月下旬全部離開。
1992年,崑山工專老師丁文輝與翁義聰兩人,發表「稀有冬侯鳥黑面琵鷺過冬保護區的設立」一文於中華民國野鳥學會的中華飛羽(第5卷第4期第26~30頁)。
1992年,翁義聰與郭忠誠兩人,以「曾文溪口北岸黑面琵鷺調查計數報告(1991/9~1992/5)」發表於中華民國野鳥學會的野鳥年刊(第2卷第59~68頁)。
1992年7月,農委會依野生動物保育法公告黑面琵鷺為瀕臨絕種保育類野生動物。
2002年10月,農委會公告曾文溪口北岸634公頃的土地為「台南縣曾文溪口野生動物重要棲息環境」,同年11月公告其中靠海邊的300公頃土地為「台南縣曾文溪口北岸黑面琵鷺保護區」。
2002年12月至翌年1月,黑面琵鷺發生肉毒桿菌中毒事件,救活19隻死亡73隻。
2007年6月,美國Wilson期刊報導全球黑面琵鷺族群每年的增加率約為13%,呼籲台灣需要為黑面琵鷺建立更大的保護區。
2008年1 月,香港觀鳥會統計全球黑面琵鷺數量為2,065隻,其中台灣有1,030隻。