半屏湖濕地及洲仔濕地進行3次（7, 10, 11月）大型底棲生物調查，共採集2,003個生物標本，經初步鑑定分屬36科53形態種 (或生活史的不同階段)。優勢種依次為扁蜷科（Planorbioidae）有234隻約42.%、其次是色蟌科（Agrionidae）有231隻約41.7%、第三是福壽螺科（Ampullariidae）有177隻約31.9%。
二處濕地共採集到552個標本 (包含非標準方法) ，分屬魚類9科18種、蝦子1科1種；其中洲仔濕地有蝦子1科1種、魚類8科16種其中有6種屬於鯉科 (Cyprinidae) 魚類；半屏湖有蝦子1科1種、魚類4科10種。 
從過去採集記錄與本調查結果統計，洲仔濕地兩棲類有2科3種 (含外來種牛蛙)；爬蟲類4科7種 (含外來種長尾南蜥)；哺乳類3科3種。半屏湖濕地兩棲類有3科5種 (含外來種亞洲錦蛙、保育類貢德氏赤蛙)；爬蟲類有6科11種 (含外來種長尾南蜥、保育類龜殼花)；哺乳類有4科4種 (含保育類台灣獼猴)。外來種問題需要持續進行監測，並建議若發現牠們應該立即移除。本土種斑龜在洲仔濕地的數量非常多，雖能抑制洲仔地區過度旺盛的水生植物，卻也會覓食水雉幼鳥，應該如何控制到一個適當數量，亦需藉由後續監測以作為日後洲仔濕地經營管理的基礎。 
從過去採集記錄與本調查結果統計，洲仔濕地蝴蝶累計有5科53種、蜻蛉有4科23種、鞘翅目有2科2種；半屏湖濕地蝴蝶累計有5科31種、蜻蛉有3科15種、鞘翅目有9科13種。洲仔濕地的陸域昆蟲以蝴蝶最多，種類明顯多餘半屏湖濕地；顯示洲仔濕地成立至今近5年來，刻意栽植蝴蝶食草與蜜源植物，可以成功提昇蝴蝶種類。洲仔水域環境的營造，也讓洲仔地區的蜻蜓數量提昇到23種，比半屏湖還多，顯示只要水域環境夠多樣化，蜻蛉類自然可以從附近水域遷移到此地棲息繁殖。未來半屏湖地區若要營造多樣的蝴蝶與蜻蛉資源，建議可依洲仔的經驗，從水域營造與蝴蝶食草蜜源植物開始著手。 
現地實際觀察的野鳥種數為14科24種。洲仔濕地有10科20種，非標準觀察新增1種，而半屏湖有12科15種，非標準觀察新增3種。
水生植物方面：共分三類，其為蕨類植物、雙子葉植物及單子葉植物，共計30科46種。其中屬於台灣原生的水生植物有26種，佔全部的56.6%，其餘20種為歸化種。
陸域植物方面：洲仔濕地共發現109科427種，其中蕨類8科8種，裸子植物3科4種，雙子葉植物79科327種，單子葉植物19科87種。半屏湖濕地則發現41科136種，其中蕨類2科2種，雙子葉植物32科103種，單子葉植物7科31種。兩個濕地統計，共發現蕨類植物9科9種，裸子植物3科4種，雙子葉植物79科349種，單子葉植物19科95種，合計110科457種維管束植物。
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