水雉復育區很幸運的在2000年5月25日，記錄到第一隻水雉的出現。往後幾天，又陸續有水雉飛進復育區。隨著水雉繁殖期的到來，水雉求偶的鳴叫聲，在復育區的水域內響起，配對、交尾、孵蛋等繁殖過程，也被工作人員一一記錄。

水雉的繁殖羽(攝影:林文崇)

2000年7月15日，復育區內的第一隻水雉幼鳥孵化，此一幼鳥的誕生，讓所有的參與者都感到無比的欣慰。水雉復育棲地營造的工作，終於見到了具體的成效。這一年水雉繁殖期結束時，復育區共記錄到2隻母鳥3隻公鳥，築了四個巢，4隻亞成鳥存活的成果。

1998年∼2005年台南縣水雉族群成長折線圖

2001年以後，台灣高鐵公司、高鐵局、台南縣政府、農委會等單位，提供官田水雉復育固定的經費和地租，作為棲地營造經營管理費用。復育委員會也透過水雉之友積極向社會募款。有了穩定的經費後，水雉復育區也聘用了專職人員，分擔水雉生態調查，水生植物培育、影像記錄的工作。

2004年台南縣水雉數量統計圖

官田水雉復育區水雉密度估算表　　製表：水雉復育委員會