90年以後，台灣水雉的族群數量相當稀少，僅棲息在台南縣境內的菱角田和少數埤塘。其中德元埤和葫蘆埤，更是水雉重要的棲息地。如果這些棲息環境消失，可能使水雉的族群面臨更大的威脅，加速滅絕的危機。

1998年7月∼1999年12月台南縣水雉族群統計圖

1998年台南縣政府為了鼓勵民眾保育水雉，維護自然生態平衡，開始實施『台南縣政府推行縣鳥水雉保育獎勵辦法水雉巢查核』，或簡稱『菱農獎勵辦法』。辦法內容大致如下：凡在菱角田、埤、池塘或其他型態之棲地，於自然狀況下發現水雉幼鳥成功孵化者，經查核，由台南縣政府提供1-2萬元獎勵金(成功孵化二隻雛鳥以下為一萬元，三隻以上為二萬元)。1998年的繁殖季共提報6個巢位，實際撥付4巢6萬元的獎勵金；1999年的繁殖季鑑定了10個巢位。

自此以後，台南縣水雉族群數量也開始明顯上升。台南縣政府所實施的這項『菱農獎勵辦法』，讓菱農實際參與了水雉的保育工作，同時也減低了水雉族群在台灣消失的危機。